2000-talet
År 2000 invigdes Rudbecklaboratoriet, Akademiska sjukhusets och Uppsala universitets stora gemensamma satsning på forskning inom genetik och cancer. Samma år blev även sjukhuset certifierat som hälsofrämjande sjukhus.
2001 bildades Uppsala kliniska forskningscentrum och samma år opererades cochleaimplantat in på fem patienter.
2002 startades kliniskt träningscentrum. En verksamhet där studenter opch personal kan träna praktiska färdigheter, hjärt-lungräddning med mera. Samma år startar även Kunskapscentrum för katastrofpsykiatri.
Sjukhusets styrelse upphörde i och med utgången av år 2002. Dess uppgifter togs då över av landstingsstyrelsens ägardelegation.
Som ett led att öka sjukhusets konkurrenskraft startades 2003 ett projekt för att titta närmare på varumärket Akademiska sjukhuset. Det resulterade i en tidning som beskriver omvärldens uppfattning om Akademiska. Och en bok som ska inspirera oss att bli ännu skickligare, bygga mer långsiktiga relationer och ödmjukt bemöta alla våra patienter. Akademiska blir detta år det första sjukhuset i Norden att behandla patienter med bukhinnecancer med varm cytostatika.
2004 invigdes intensivvårdshelikoptern, den enda i sitt slag i Norden. En ny avdelning för neonatal intensivvård startas också.
Interventionslaboratoriet med avancerad röntgenutrustning öppnades på centraloperation 2005. Akademiska blev därmed ett av de första sjukhus i världen som samordnar kirurgi och röntgen. 2005 införs även elektroniska patientjournaler på hela sjukhuset. En ny ambulansstation invigdes. Sjukhuset blev även först i landet med att att inrätta en fast organisation för arbetet med att stoppa spridningen av antibiotikaresistenta bakterier.
2006 invigdes obesitascentrum. Detta år blev Akademiska också först i landet med att erbjuda 65-åriga män i länet ultraljudsundersökning för att upptäcka bråck på stora kroppspulsådern i buken. 2006 genomförde vi vår tvåtusende njurtransplantation. Den första transplantationen gjordes 1969. Metadonprogrammet firade 40-årsjubileum.
2007 spelades första säsongen av tv-serien Sjukhuset in. I mars samma år fick Uppsala landets förste professor i katastrofpsykiatri, överläkare Tom Lundin.
2008 fyllde Akademiska sjukhuset 300 år vilket firades genom att prata om framtiden. Detta år bildades tre Center of Excellence inom områdena inflammation, endokrina tumörer och neurotrauma.
Forskning och undervisning framskrider vid Akademiska sjukhuset utifrån Lars Robergs bärande idé - klinisk undervisning vid sjukbädden, allt för den enskilda patientens bästa.